• 蔡慧貞，(2020)，OFFICE快速上手，大鼎書局 ，2020年10月，ISBN：978-986-99384-3-3。

• 蔡慧貞、簡志峰，(2020)，程式設計開發無痛學習，大鼎書局 ，2020年07月，ISBN：978-986-993-840-2 。

• 蔡慧貞、施威銘研究室，(2020)，物聯網IoT實作入門，旗標科技股份有限公司，2020年07月，ISBN：978-986-312-641-6 。

• 蔡慧貞，(2020)，底 Under：台北海洋科技大學數位遊戲與動畫設計系109級畢業暨教學成果展集，大揚出版社，2020年07月03日，ISBN：978-957-599-954-4。

2019

• 陳正昌、蔡慧貞，(2019)，APP INVENTOR 2，大揚出版社，2019年12月04日，ISBN：978-957-599-935-3。

• 蔡慧貞、任曉晶、林憶青，(2019)，輕鬆搞定OFFICE，新文京開發出版股份有限公司，2019年09月01日，ISBN：978-986-97197-5-9。

2018

• 蔡慧貞，(2018)，MOS微軟專業證照參考手冊，大揚出版社，2018年12月01日，ISBN：978-986-430-530-8。

• 蔡慧貞，(2018)，APP程式設計超EZ，大揚出版社，2018年11月20日，ISBN：978-986-97197-2-8。

• 蔡慧貞，(2018)，MIT基礎程式設計入門，大揚出版社，2018年11月20日，ISBN：978-986-97197-1-1。

2013

• 蔡慧貞、童宜淳、李小珍，陳淳哲，(2013)，OFFICE 2010 塗鴉筆記，新文京開發出版股份有限公司，2013年01月15日，ISBN：978-986-236-252-5 。

2010

• 童宜淳、蔡慧貞，(2010)，電腦軟體應用乙級技術士術科技能檢定精析，新文京開發出版股份有限公司，2010年09月05日，ISBN：978-986-236-324-9。

2023

• 蔡慧貞*、楊千鋒、陳建宏，(2023)，「建構智慧型居家安全警示喜統之可行性研究」，台北海洋科技大學學報 ，台北海洋科技大學，，2023年OO月，第O卷第O期，頁OO-OO，ISSN: 2071-3630。(已接受)
• 蔡慧貞*，(2023)，「運用成果導向學習分級教學法在計算機概論課程之實踐與反思」，21世紀大學通識教育的創新與未來：新通識教育× SDGs ×EMI×教學實踐研究國際學術研討會，中華民國，大葉大學，2023年10月25日，頁107。

2021

• 林雪良、任曉晶、蔡慧貞*，(2021)，「運用拼圖式合作學習教學策略於機能發酵科技課程之創新研究」，2021高等教育教學實踐研究與創新研討會 ，中華民國，中華大學，2021年07月13日，頁88-98。(通訊作者) 。
• Hui-Chen Tsai*, Hsiao-Chin Jen (2021),"An Innovative Teaching Application and Research of the Game-Based Learning in the Game Design Essentials Course", Journal of Computers Vol. 32 No. 1, 2021, pp. 144-153 ，ISSN: 1991-1599.

2020

• Hui-Chen Tsai* (2020), "Research on the Combination of Professional Certification and PBL in Instructional Programming Course Design", International Conference on Innovative Computing and Management Science, July 29- July 31, 2020, Yilan, Taiwan.

2019

• 林雪良、任曉晶、蔡慧貞*，(2019)，「拼圖式合作學習模式在食品微生物學及實驗課程中之創新應用研究 」，2019論創新與整合國際學術研討會 ，中華民國，台北海洋科技大學，2019年11月22日，頁47-57，ISBN：978-986-97478-2-0。(通訊作者) 。
• Hui-Chen Tsai*, Hsiao-Chin Jen (2019), "A Study and Application for Game Design Essentials Course Based on Game-Based Learning ", International Conference on Innovative Computing and Management Science, Osaka, Japan, July 19-22, 2019。
• 蔡慧貞*、任曉晶，(2019)，行動網頁設計課程融入PBL創新研究與實踐，台北海洋科技大學學報 ，台北海洋科技大學，2019年3月，第十卷第一期，頁33-47，ISSN: 2071-3630。
• 任曉晶、林雪良、蔡慧貞*，(2019)，運用CPBL創新教學策略於食品安全與營養保健課程設計之研究 ，台北海洋科技大學學報 ，台北海洋科技大學，2019年3月，頁21-32，第十卷第一期，ISSN: 2071-3630。(通訊作者)
• Hui-Chen Tsai*, Hsiao-Chin Jen (2019), "The Application and Research of the Pedagogy of Project-Based Learning in the Marine Application APP Innovation Design Course",The 9th International Conference on Information Integration and Innovation, Taiwan, Jan.11 2019, ISBN 978-986-05-8463-9。

2017

• Hui-Chen Tsai*, Hsiao-Chin Jen (2017), "The Research and Implementation of Integrate APP into Information Practical Application Course",The 8th International Conference on Information Integration and Innovation, Taiwan, Dec.15 2017, pp. 61-65. ISBN: 978-986-05-5721-3。
• 蔡慧貞*，任曉晶，麥家威，(2017)，「運用專題導向學習模式於通識教育資訊科技多媒體應用課程之研究」，2017通識教育與多元教學學術研討會，中華民國，台北海洋科技大學、頁30-41，2017年12月8日。
• 葉慶隆、林國中、蔡慧貞*、莊茵婷，(2017)，以知識工程方法設計與實現語意網架構之電子病歷交換服務，資訊管理學報，中華民國資訊管理學會，2017年7月，第二十四卷第三期，頁273-306，ISSN: 1608-5752 [TSSCI](通訊作者)

2016

• Pen-Chia Yen, Shu-Fen Huang, Hsiu-Chih Lee, Hui-Chen Tsai* (2016),"Research on the application of second generation Kinect sensor",The 7th International Conference on Information Integration and Innovation, Taiwan, Dec.23 2016, ISBN: 1230-1230-1201-23401.
• Shu-Chen Wang,Chi-Jui Wu,Hui-Chen Tsai*,Pen-Chia Yen,Yu-Wei Liu,Shuen-Hung Huang (2016),"Using Discrete Wavelet Transform for Power Quantity Calculation of Fluctuating Three-Phase Load via IEEE Standard 1459-2010",The 7th International Conference on Information Integration and Innovation, Taiwan, Dec.23 2016, ISBN: 1230-1230-1201-23401.
• Ching‐Long Yeh, Hui-Chen Tsai*, Yin‐Ting Chuang (2016), "Using CSCL Scripts as Supplement to Engineering Education: An Empirical Study on Introductory Course in Computer Science", SEFI2016 Annual Conference European Society for Engineering Education, Finland, Sep 12-15, 2016.
• 葉慶隆，蔡慧貞*，莊茵婷，李偉榮，(2016)，「以語意網技術建立互動式課程地圖知識系統」，第五屆工程教育學術研討會，中華民國，臺灣工程教育與管理學會、頁1-16，2016年5月13日，ISBN：97898684305-6-3。(通訊作者)

2015

• Kuo-Chung Lin, Ching-Long Yeh, Hui-Chen Tsai* (2015), "Developing Knowledge-Based EMR Services Using Semantic Web Technology," Journal of Internet Technology, Vol. 16 No.3, PP. 404-415, 2015, ISSN: 1607-9264. [SCI](通訊作者)
• 葉慶隆，蔡慧貞*，(2015)，「建構智慧型課程地圖系統：概念模型及知識工程」，第四屆工程教育學術研討會，中華民國，臺灣工程教育與管理學會、頁34-47，2015年5月15日，ISBN：97898684305-6-3。(通訊作者)
• Ching‐Long Yeh, Yin‐Ting Chuang, Hui-Chen Tsai* and Yi‐Yu Chen (2015), "Constructing a Linked Open Data Platform of Taiwanese Religious Temple Tourism Data with Semantic Content", Proceedings of the 2015 International Conference on e-CASE & e-Tech 2015 , Kuala Lumpur, Malaysia, pp. 637-645. April 1-3, 2015, ISSN: 2074-5710.

2014

• 葉慶隆，蔡慧貞*，莊茵婷，張淑婷，(2014)，「以語意教學大綱為基礎的課程地圖知識組織」，第二屆Open Data學術研討會，中華民國，臺灣資訊系統研究學會、頁60-70，2014年11月14日。(通訊作者)
• 葉慶隆，蔡慧貞*，陳奕攸，(2014)，「以語意網技術建構臺灣寺廟旅遊連結開放資料平台」，第二屆Open Data學術研討會，中華民國，臺灣資訊系統研究學會、頁240-247，2014年11月14日。(通訊作者)
• 葉慶隆、蔡慧貞*，(2014)，建構課程地圖 知識系統：概念模型與知識工程，科技與工程教育學刊，國立臺灣師範大學，2014年6月，第四十七卷第一期，頁48-65， ISSN: 1025-7578。(通訊作者)

2013

• 葉慶隆，蔡慧貞*，莊茵婷，黃亮鈞，許瑞翔，(2013)，「以語意網服務為基礎的健康照護服務平台架構之研究-以醫院衛材採購供應及資訊服務使用者為案例」，IMDC 2013，中華民國，中華民國資訊管理學會，頁58. 2013年4月。
• Hui-Chen Tsai*, Ching-Long Yeh (2013), Context and Concept Analysis in CSCL Script Design, Proceedings of the 2013 International Conference on e-CASE & e-Tech 2013 , Kitakyushu, JAPAN, PP.971-985. April 3-5, 2013, ISSN: 2074-5710.(通訊作者)
• 葉慶隆，蔡慧貞*，(2013)，「以語意網為基礎開發CSLC腳本與任務管理系統」，Taiwan CSCL＆CSPL Workshop 2013，中華民國，國科會科學教育發展處、台灣數位學習與內容學會，頁157-163. 2013年3月。(通訊作者)

2012

• Hui-Chen Tsai*, Kuo-Chung Lin and Ching-Long Yeh, (2012), "Case Study of the Medical Decision-making System ETL Abnormalities Processing Procedure", Advanced Materials Research, Vols. 433-440 ,2012, pp 894-899, ISSN: 1022-6680.[EI](通訊作者)
• 葉慶隆，蔡慧貞*，(2012)，「結合腳本於社交網站進行電腦輔助協同合作學習之實證研究」，Taiwan CSCL & AIED SIG Workshop 2012，中華民國，國科會科學教育發展處 CSCL&AIED SIG，頁44. 2012年4月。(通訊作者)
• 李小珍、蔡慧貞*，(2012)， 「應用雲端服務於網路學習教室之實證研究」，EITS2012數位教學暨資訊實務研討會，中華民國，南台科技大學資訊管理系，頁11. 2012年3月，ISBN: 978-986-6975-50-9。(通訊作者)
• Ching-Long Yeh, Hui-Chen Tsai* (2012), "An Empirical Study on Using CSCL Script in Online Communities", Proceedings of the 2012 International Conference on e-CASE & e-Tech 2012 , Hong Kong, PP. 1072-1078. March 30 - April 1, 2012, ISSN: 2074-5710.(通訊作者)

2008

• 莊雅茹、楊熾能、蔡慧貞*，(2008)，國中小學校園數位落差指標建立之研究，教育行政與評鑑學刊，台北教育大學，第六期，2008年12月，頁1-26， ISSN: 1990-7486。(通訊作者)

2007

• 吳濟聰、林國中、蔡慧貞*，(2007)，應用整合動態決策方法論於供應鏈協同作業設計專案之研究，Journal of Project Management and System Engineering, Vol. 1, 2007, p117~p140, ISBN: 978-986-82435-3-8, ISSN: 1999-785X. [SCI]。(通訊作者)
• 莊雅茹、楊熾能、蔡慧貞*，(2007)，小螢幕動態文字呈現方式與閱讀效率之研究，教學科技與媒體季刊，台灣教育傳播暨科技學會，2007年12月15日，第八十二期，頁4-20，ISSN: 1019-6943。(通訊作者)
• 吳濟聰、鍾宜芳、蔡慧貞*，(2007)，知識社群資料分析之研究，數據分析雙月刊，北京、紐約、台北，2007年10月，第二卷第五期第三篇，頁33-54，ISSN: 1819-2343。
• 蔡慧貞*、吳濟聰，(2007)，導入遠距實驗室於學校網路學習平台之研究，教學科技與媒體季刊，台灣教育傳播暨科技學會，2007年3月15日，第七十九期，頁70-85， ISSN: 1019-6943。(通訊作者)

2005

• 蔡慧貞*、吳濟聰，(2005)，「導入遠距實驗室於學校網路學習平台之研究」，2005工研院創新與科技管理研討會，中華民國，工業技術研究院產業經濟與資訊服務中心，2005年9月，頁26。(通訊作者)
• 楊青原、吳濟聰、蔡慧貞*，(2005)，「民宿產業知識移轉之研究」，2005工研院創新與科技管理研討會，中華民國，工業技術研究院產業經濟與資訊服務中心，2005年9月，頁7。(通訊作者)